광산촌 슬랙 계곡에서 기계 견습공으로 밝게 살고 있던 고아 소년 파즈는 어느날 빛이 나는 목걸이를 한 채 하늘에서 떨어지는 한 소녀(시타)를 구해준다. 소녀는 집안 대대로 전해져 오던 목걸이(비행석)로 인해 정부의 군대(무스카 일행)와 해적(도라 일당)들에게 쫓기고 있던 신세. 시타가 이들로부터 무사히 도망갈 수 있게 도와주던 중 파즈는 비행석과 하늘에 떠 있는 성 "라퓨타"가 실제로 존재한다는 사실을 알게 된다. 돌아가신 아버지의 영향으로 라퓨타의 존재를 믿고 있던 파즈는 시타와 함께 라퓨타를 찾기로 결심한다. 하지만 파즈와 시타는 그들을 쫓던 군대에게 잡히고, 시타는 정부 비밀 조사관인 무스카에게 파즈를 풀어주는 조건으로 협력을 약속한다. 군대에서 풀려난 파즈는 시타를 구하기 위해 도라 일당에 들어가고, 그들과 함께 시타를 구해온다. 그러나 시타로 인해 봉인이 풀려 라퓨타의 위치를 가리키게 된 목걸이(비행석)는 무스카에게 빼앗기고 만다